小儿多囊肾是可以通过核磁共振检查出来。检查多囊肾的方式还有彩超和CT。各项检查都有其优势及弊端，但是一般首选彩超检查。
彩超没有辐射，检查费用不高，也能较立体的发现囊肿数量、大小和位置。CT检查存在有较大辐射的弊端，不利于长期跟踪复查。
核磁共振没有辐射，但其检查过程耗时较长。检查时有较大的声音刺激，而且要求检查者在整个检查过程中不能移动，而小儿难以达到这个要求，从而会干扰检查结果，所以磁共振也不作为首选的检查方式。