格林-巴利综合征的鉴别诊断主要包括重症肌无力、脊髓病变、低钾性周期性麻痹等。
重症肌无力是一种神经肌肉接头传递障碍性疾病，主要表现为四肢近端肌无力，具有头清腿重的特点，上午时症状较轻，下午或者是剧烈活动后症状加重，不会出现感觉异常。
格林巴利综合征患者，可以出现四肢近端肌无力，同时出现四肢末端感觉异常，肌电图检查，或者是超期脑脊液检查，有助于明确诊断。
低钾性周期性麻痹是由于低血钾而引起，主要为四肢近端肌无力，同时也可能会出现感觉异常，检查一下血电解质可以明确诊断。