宝宝胃食道反流的症状轻重表现不一。主要与反流的强度、持续的时间、有没有并发症以及患者的年龄有关系。最常出现的就是呕吐，呕吐是新生儿和婴幼儿最主要的临床表现。
大多数孩子在生后第一周就开始出现呕吐，另外有部分的宝宝可能在生后6周内出现症状。多发生在进食以后，严重者呈喷射状，呕吐物有时会含有少量的胆汁，也可以表现为溢乳、反刍或者吐泡沫。
而年长儿主要是以反酸、反胃、嗳气等症状多见。同时如果会出现反流性的食管炎，也会出现相应临床表现有胃灼热，主要是有表达能力的年长儿会代诉，尤其是饮用酸性饮料以后症状明显加重。咽下的疼痛婴幼儿表现为喂奶的困难、烦躁、拒食，年长儿诉吞咽的时候有疼痛。部分孩子还会出现呕血、便血。因为食管炎严重的可以发生糜烂或者溃疡，出现呕血或黑便的症状，这部分孩子往往都会并发缺铁性贫血。