高位肛瘘涉及到外口密集，局部皮肤瘢痕化严重，再生能力差，愈合时间长，并发症多，所以是难治性疾病，治疗效果差。
临床上高位肛瘘是分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘，是指经过外括约肌深部以上，一个或者多个外口。治疗上主要是肛瘘切开术，也有的实施保留直肠环的方式，但是都是疗程长，痛苦大，手术创伤大，恢复慢，肛门变形的弊端。
在损伤肛门直肠环时，可引起肛门失禁严重的并发症。所以高位复杂肛瘘手术复杂，有时需要分次手术才能取得治愈效果。