上完厕所肛门疼，在排过大便之后可以使用温水对肛门局部进行清洗，避免过度用力擦拭。如果通过清洗疼痛不缓解，可以适当涂抹利多卡因胶浆，可以有效缓解疼痛。
如果上完厕所肛门疼，反复出现，要到正规医疗机构进行就诊，诊断明确以后再进行对因、对症治疗。可以通过肛门局部的望诊、肛门指诊、肛门镜检查进行诊断。如果由于肛裂因素，可以在便后使用稀释的高锰酸钾溶液坐浴，涂抹硝酸甘油软膏促进裂口愈合。
如果由于痔疮发生脱出，或者有水肿、血栓、发炎。可以在清洗过后，配合麝香痔疮膏、化痔栓等药物进行对症治疗，必要时还可以通过手术治疗。