消化道肿瘤标志物增高，不代表就一定患有胃肠道肿瘤。在一些正常的患者中，可以出现肿瘤标志物的增高。相反，肿瘤患者的肿瘤标志物有可能正常。因此肿瘤标志物特异性不是很高，肿瘤标志物只能作为参考。升高不能说明一定有肿瘤，而不高也不能排除。
肿瘤标志物不仅与恶性肿瘤相关，与部分慢性炎症也相关。比如长期的胃部慢性炎症，或者是前一天夜晚腹泻、胃黏膜损伤，此时肿瘤标志物也可能会有一定的升高。
对于肿瘤标志物升高的肿瘤患者，定期复查就可以判断有没有复发。如果发现肿瘤标志物升高，还可以行胃镜、肠镜以及消化道钡餐等检查，进一步提高早期肿瘤的检出率。