长效避孕药和紧急避孕药在临床上的区别如下：
第一，长效避孕药一个月使用一次，而紧急避孕药是在同房之后72小时之内服用才会起到避孕的作用。
第二，成分不同。长效避孕药绝大部分是雌激素和孕激素的合剂，而是紧急避孕药是高效孕激素。
第三，在临床上避孕的机理不一样。长效避孕药是抑制卵巢排卵，并且使子宫内膜变薄，来阻止受精卵着床，这样会达到避孕的目的。而紧急避孕药是抑制卵巢排卵，并且使子宫内膜增厚，来阻止受精卵着床而达到避孕的目的。
紧急避孕药在临床上是高效孕激素，所以它的副作用会比长效避孕药的副作用更大一些，建议在一年之内最多不要超过两次口服紧急避孕药避孕，因为紧急避孕药作为避孕失败的补救方法才可以服用。而长效避孕药在没有禁忌证的情况下，可以长时间地给予服用。长效避孕药在服用之后，有可能会导致月经量减少或者是出现闭经的可能性。