小儿下丘脑错构瘤手术切除不干净，需要根据宝宝具体病情来选择下一步的治疗方式，可以根据临床症状给予药物治疗。
如果宝宝有癫痫发作，可以给予抗癫痫治疗，比如奥卡西平、德巴金等药物，同时还需要定期随访，观察肿瘤的情况。如果宝宝症状还是比较严重，需要再次检查，评估后考虑再次手术治疗或者给予射频损毁手术治疗。
术后需要注意调整饮食，保证休息时间，观察患儿智力发育情况以及癫痫控制情况。要规律用药，不能自行减药或者停药。