克隆氏病与白塞氏病有一定区别，但二者都属于自身免疫性的疾病。
克隆氏病是一种原因不明的肠道炎症性疾病，这是一种非感染性的病变，在胃肠道的任何部位都可以发生病变。而白塞氏病不仅仅会出现肠道的非感染性病变，也会出现一些全身症状，尤其是出现多系统、多脏器损害的表现，这就是二者最主要的区别。
白塞氏病，往往会出现反复发作的口腔溃疡、眼葡萄膜炎、生殖器溃疡，也可能出现关节炎、多发性血管阻塞，皮肤、消化道、神经系统损害的表现，通过病理学的检查也可以进行区别。