尿分叉的危害取决于疾病诱因，临床较为常见的附属性腺体感染引起的尿分叉，在未得到及时有效抗炎治疗的情况下，会危害到精子质量指标，精子活力、活率值降低，导致受孕困难，并且还会影响双方性和谐。
尿道口息肉导致的尿液分叉，容易导致泌尿道反复感染，性行为反复摩擦刺激还可导致性交疼痛，影响性愉悦体验。
由于泌尿道感染炎性分泌物积聚导致的尿液分叉，致病菌可逆行感染，导致膀胱炎、肾盂肾炎。严重的上行感染可导致肾、输尿管积水，对肾脏的滤过代谢功能会造成一定危害。