两个眼珠不对称有可能的原因是先天性的原因。由于先天性的眼外肌发育异常引起的斜视，以及眼外肌的力量发育的不平衡导致的眼位异常。
可能是遗传的因素导致。家里父亲或者是母亲患有斜视，孩子患斜视的几率就要高出正常人。所以会出现两个眼珠不对称。
高度的近视以及屈光不正较为严重的，也容易出现斜视，继而出现眼珠的不对称。
眼部如果受外伤后，外伤出血麻痹以后，或者是眼部出现肿瘤压迫的动眼神经后，也容易出现斜视，然后也就会出现两个眼珠不对称的情况发生。
临床上有一部分甲状腺疾病的患者，也有两个眼珠不对称的情况发生，同时两个眼珠不对称还可能会有高低的情况发生。