经常灌肠有危害。经常灌肠首先会出现肛管、直肠位置损伤，甚至引发局部组织破裂发生大出血。另外，经常灌肠会损伤肛管、直肠内黏膜组织，使黏膜组织发生充血、水肿、糜烂等病理性改变，进而会有下腹部疼痛、坠胀以及黏液脓血便等临床表现。
另外，经常灌肠还具有一定依赖性。特别是便秘的患者，如果不进行灌肠可能发生无法主动排便的情况，会进一步加重便秘症状。
肛门位置如果有痔疮、肛裂等常见疾病存在，经常灌肠会进一步加重上述疾病的临床症状，甚至诱发痔疮、肛裂出现临床症状。