输尿管结石引起的疼痛较严重时，可使用解痉止痛药缓解，比如双氯芬酸钠、曲马多、山莨菪碱等。在特别严重时还可局部注射吗啡。在使用止痛药物时，患者也要加大饮水量，多排尿，适当地做一些跳跃运动。
为了促进结石快速排出，还可使用坦索罗辛，能够使输尿管下端的平滑肌松弛，有利于结石从输尿管中掉落。如果存在尿酸结石，可以使用枸橼酸钾等药物将尿液碱化，有助于结石体积的减小。
对于直径较大的输尿管结石，不能够自然排出体外时，应考虑进行体外冲击波碎石。