尿路感染根据感染部位的不同，治疗疗程也不一样。单纯性尿路感染，大多数为下尿路的尿道、膀胱等感染，表现为尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激征的症状，一般没有全身表现，通常服用敏感抗生素治疗3~7天就可基本痊愈，而且复发、再发可能性较低。
复杂性感染，大多数为位于上尿路的肾脏、肾盂、输尿管等感染，除了尿道感染表现外，还伴有全身症状，如发热、血象异常、腰痛等表现。这类感染的治疗时间较长，通常需要应用敏感抗生素治疗两周以上的疗程，而且还会有复发或再发的风险。
对于特殊类型病菌引起的尿路感染，如淋球菌性尿道炎，除了膀胱刺激征外，还会有尿道流脓，甚至全身感染表现，也建议延长治疗时间，服药2周以上为佳。