视力矫正手术后可能存在近视度数的回退，或者再次出现近视。可能发生干眼症，特别是手术前存在干眼症患者，术后可能干眼症状加重，一般可以通过滴人工泪液眼药水缓解。还可能存在光学像差性的相关主诉，例如眩光、光晕、单眼复视等等，尤其在晚间可能比较明显。
比较少见的危害主要是有角膜上皮植入，弥漫性层间角膜炎，角膜瓣的相关并发症，或者是进行性角膜扩张。严重的主要是发生感染性角膜炎，可能术前存在睑缘炎、长期使用激素等因素有关。