扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，核心有可能是小的异物或是脱落的上皮细胞甚至细菌。食物残渣会在在细菌的作用下渐渐变成结石，如果长时间的使用某一种高血压药物、抗抑郁药物、止痛药等处方药品时也会有可能导致扁桃体结石。
由于某些药物的副作用会让口腔发干，造成没有更多的唾液把食物和细菌冲走的现象，而残留物在扁桃体的凹陷处时，就会形成扁桃体结石。在治疗上小的结石可以用钳子取出，个别的可用负压吸引取出。相对大的或是比较顽固的就需要手术取出了。