脑血栓早上头晕多考虑可能是由于脑循环障碍所引起。由于脑组织供血、供氧不足，便可引起头晕症状。
脑血栓患者大多都存在脑血管狭窄、脑动脉硬化，这些不良因素本身就会导致脑供血不足而出现头晕。再加上晚上睡觉时，机体的血流量相对减慢，致使脑供血不足的情况进一步加重，所以就会在早晨起床时出现头晕症状。
另外，脑血栓患者可能本身就存在高血压疾病，而晨起时一些人容易出现一天当中血压的高峰值。由于血压升高，导致脑血管内的压力增高，并不断对脑膜造成刺激，也会引起早上头晕，还可伴有头痛症状。