南板蓝根和板蓝根的区别是两种药物，来源于不同的植物。
南板蓝根是来源于爵床科植物马蓝的干燥根，而板蓝根是来自于十字花科的植物崧蓝的干燥根，也叫北板蓝根。两者都有清热解毒、凉血利咽的功效，都可用来治疗风热感冒所引起的咽喉肿痛。
但是，相比较南板蓝根而言，板蓝根的有效成分中还有一种特殊的有效成分叫芥子苷，芥子苷不仅有抗病毒的作用，还有抑菌的作用。所以如果是细菌性感染，应该选择板蓝根而不是南板蓝根。市售的板蓝根颗粒，一般都是板蓝根提取的有效成分。