小睑裂综合征主要以手术治疗为主。
以目前的医疗技术水平，还没有能够完全治愈或攻克小睑裂综合征的药物出现。在治疗方面主要是以手术矫正、开大睑裂、消除并发症为主。小睑裂综合征所造成的问题，一般是无法一次性全部解决，大多需要结合患者的具体病情，设计制定手术方案。
而总体上，可包括内眦矫正、外眦矫正、上睑下垂矫正等步骤。如果患者仅存在内眦间距偏大，外眦相对正常，即可仅矫正内眦和眼睑。后期还需针对开大范围睫毛和泪小点进行调整。