除了部分由于甲状腺炎导致的一过性甲减吃药会治愈以外，一般甲状腺患者是不能治愈的，需要通过甲状腺激素替代治疗。药物可选择左甲状腺素钠替代剂量与患者年龄、体重与甲减的严重程度有关，治疗剂量应个体化。
服药后6周可以达血药浓度的平衡，需每一到两周调整一次剂量，直至维持量。达到维持量的指标，是临床症状改善，FT3、FT4、tsh正常，在开始甲状腺基础治疗后6个月，药物剂量应重新评估。
因为随着甲状腺功能的正常，T4的代谢清除可较开始阶段增加，应适当调整。