急性输尿管炎的病原体多为杆菌，也有厌氧菌感染，当厌氧菌感染引起急性输尿管炎时，可以导致输尿管的急性坏死，如果炎症破坏了输尿管壁，可以出现输尿管周围脓肿和尿液外渗。输尿管可以将肾脏产生的尿液排至膀胱，当输尿管炎出现时，可以导致输尿管管腔变狭窄，尿液排出受阻，容易出现肾脏的积水，导致输尿管内的感染逆行进入肾脏，引起肾脏的感染。
慢性的输尿管炎可以形成炎性的息肉或者是疤痕狭窄，导致肾积水形成，从而进一步影响肾脏的功能，严重的患者可能会导致肾无功能，必要时需要行肾脏切除手术治疗。