肝内胆管结石的发病原因与胆道的细菌感染、寄生虫感染及胆汁滞留有关。此外，胆汁中的黏蛋白、酸性黏多糖、免疫球蛋白等大分子物质，炎性渗出物、脱落的上皮细胞、细菌、寄生虫、胆汁中的金属离子等，均参与结石的形成。可以说肝内胆管结石的形成往往考虑与感染有关。
胆囊结石的形成与代谢有关，如胆固醇高、胆盐少，可以导致胆固醇结石。乙肝是由于感染乙肝病毒HBV引起的，乙型肝炎患者和HBV携带者是本病的主要传染源，乙肝病毒是不会导致形成胆管结石。乙肝患者可以有肝胆管结石，但是乙肝和肝胆管结石两者间没有直接关系。