新生儿拉肚子的原因，主要包括肠道内感染、肠道外感染、非感染性因素等三种原因：
1.肠道内感染。主要发生在人工喂养或者混合喂养的新生儿身上，可能是因为奶具不洁而导致的病原菌引起。比如细菌、病毒进入新生儿口内，从而引起肠道感染。
2.肠道外感染。主要是病原体毒素等影响或者婴儿神经系统发育不健全，导致消化系统功能。肠道蠕动增加，而引起的腹泻。
3.非感染性因素。主要是因为日常喂食不当或者天气变化而引起的腹泻，这种现象的腹泻会表现为大便次数增加，有不消化的奶块或者蛋花样粪便。