引起尿道流脓的原因很多，比如身体上火、湿热下注，就会引起尿道流脓。因为湿热下注于尿道时，会引起尿道水肿、充血，这种情况下会使尿道黏膜溃疡，从而导致尿道流脓。
另外，患有尿道炎或者尿道囊肿后，会引起尿道腔狭窄，影响尿道平滑肌正常收缩，使尿道新陈代谢功能下降，从而引起尿道流脓。如果是尿道炎或者尿道囊肿引起的，除了会引起尿道流脓以外，还会使人伴随着尿道疼痛和尿道瘙痒症状，需要做尿常规检查和尿道超声检查明确。
其次，尿道流脓还与尿道结石或者尿道肿瘤有关。因为患有尿道肿瘤和尿道结石会压迫尿道，使尿道黏膜缺血、破损，从而诱发尿道流脓。