乙脑患者发热主要存在两方面机制：
首先，乙脑为乙脑病毒感染所导致的感染性疾病。患者可以因乙脑病毒感染而出现严重感染应激状态，从而出现发热症状，属于机体应对乙脑病毒感染的防御性反应，可以有效抑制乙脑病毒活性。当感染状态缓解后，体温可随之下降。
其次，乙脑病毒感染可以诱发中枢系统病变。如体温调定中枢存在病变，可出现病理性体温升高。乙脑患者如出现38.5℃以上体温，可在医生指导下，使用药物退热治疗。