急性肺脓肿抗菌治疗的疗程大约在4周左右。但是由于每一个患者病情严重程度不同、个人身体素质不同、对治疗药物的敏感程度不同，治疗效果也不完全一样，所以治疗时间与这些综合因素有着密切的关系，存在着个体差异。
可以根据细菌培养以及药敏试验的检查结果，使用敏感的抗生素进行治疗。不能进行细菌培养以及药敏试验的患者，可以使用广谱抗生素进行治疗。
常用的药物主要包括阿莫西林、氨苄西林、甲硝唑、莫西沙星、林可霉素、万古霉素、替考拉宁等抗生素。