孕妇头疼不建议首选CT进行检查，一方面是因为CT检查会对人体有一定的辐射。对孕妇特别是怀孕三个月以内的孕妇，影响是比较大的。有可能会导致胎儿的畸形等问题。
另一方面是因为导致头疼的原因有很多，CT检查也不一定能够检查出来。所以当患者出现头疼之后，建议先到神经内科进行详细的体格检查，来排除一些血压升高或者是激素的异常等导致疼痛的原因，然后可以考虑做核磁共振等，对人体没有辐射的影像学检查方法。
如果必须要做CT，一定要权衡利弊，与患者交代清楚之后，再考虑是否做。