治疗肛门湿疹的最好办法首先，要去除致病因素，不吃辛辣、刺激性食物和过敏食物，肛周忌用热水或肥皂擦洗，避免挠抓。治疗痔疮、肛裂、肛瘘、便秘、腹泻及全身性疾病。
其次，可口服或注射抗过敏药物如口服地氯雷他定片，炎症较重时，可应用激素地塞米松和适当使用抗生素。肛门局部可涂炉甘石洗剂、外敷氧化锌乳膏、地奈德乳膏。
对药物治疗无效、反复发作、顽固性的慢性肛门湿疹，可采用手术治疗，手术方法有肛周皮下封闭术或肛周皮下神经离断术。