男性患者阴茎短小是否会影响其生育能力，需要结合患者具体情况来综合分析。
如果男性患者阴茎短小是由于遗传因素所决定的，而患者精液质量良好，一般情况下不会对患者的生育能力产生影响。短小的阴茎同样能够将精液排入到女性阴道内，与质量良好的卵子相结合形成受精卵。
如果患者阴茎短小是由于雄激素水平过低，或其他相关性的疾病所导致的，此类患者可能会存在精子的质量异常，这种情况下就可能会影响到患者的生育能力。
如果成年男性发现其阴茎短小时，需要及时到泌尿外科就诊，完善相关检查以明确导致阴茎短小的病因，以及患者是否合并有其他生殖器官功能和精子质量的异常，根据患者具体病情对症治疗。