子宫内膜异位症的临床表现多种多样，病变的部位不同临床表现也不相同，症状的特征大多与月经周期密切相关，大约有25%的病人没有任何症状，常见的症状有疼痛、月经的异常和不孕症，疼痛是子宫内膜异位症的主要症状，可以表现为痛经慢性盆腔痛性交痛及及腹痛。痛经是子宫内膜异位症的典型症状表现为继发性痛经，并随病变的进展而渐进性的加重。
典型的痛经多于月经前一到两天出现月经，第一日最为剧烈以后逐渐减轻，疼痛的部位多为下腹深部和腰骶部，有时可放射至肛门外阴或者是大腿，慢性疼盆腔痛了在子宫内膜异位症病人也较为常见，另外就是性交痛以及月经的异常，异位症病人的不孕率高达50%，其中的20%的病人都是有中度以上的病变。