长期上呼吸道感染需要明确病因，给予针对性治疗。比如可能是合并了鼻窦炎或者过敏性鼻炎等特殊原因，前者可能需要穿刺引流或者外科手术，而后者可能需要使用孟鲁司特钠等药物治疗。
长期上呼吸道感染实际上并非单纯的上呼吸道感染，因为上呼吸道感染多具有自限性的特征。如果病人流鼻涕等感冒症状持续得不到缓解，有可能是在上呼吸道感染的基础上合并了鼻窦炎等疾病，如果是鼻窦炎可能需要做穿刺引流或者外科手术。
此外，过敏性鼻炎可以反复发作，表现为流清鼻涕、打喷嚏症状，类似于长期上呼吸道感染，但是该病本质上并不属于上呼吸道感染，治疗也与上呼吸道感染不同，可能需要使用孟鲁司特钠等白三烯受体拮抗剂进行治疗，也可以考虑服用盐酸西替利嗪等抗组胺类药物。