性激素六项不正常对身体的危害目前无法明确，因为目前临床医学上不能依据单一指标出现异常而对病情作出诊断，笼统的结果无法明确病因，也无法准确判断出其产生的危害。
性激素六项有六个指标，各个指标异常，反映出来的情况都不一样。但这项检查能了解女性内分泌功能，结果异常可初步判断出内分泌异常，可能会导致月经紊乱，比如闭经，还有可能导致卵巢早衰、多囊卵巢综合征等，有的还会出现不孕症或高泌乳素血症，对身体影响比较多。需要结合其他检查，明确诊断病情，不要恐慌。