无痛人流手术具有一定的风险，在进行无痛人流前，通常需要注射麻醉药物，有部分孕妇可能会出现呕吐的症状，有可能会造成误吸以及呼吸道堵塞。
在无痛人流后有可能会造成子宫复旧不良，当女性再次怀孕时，孕囊着床在未复旧的子宫内膜上，可能会导致胎盘粘连以及前置胎盘等并发症，有可能会导致流产。
在无痛人流手术以后，如果没有做好护理，有可能会造成贫血以及机体免疫力下降，会增加产褥感染风险。此外，无痛人流手术还可能会引起一些远期的并发症，比如慢性盆腔炎、闭经、月经异常等。