如果已经形成扁桃体脓肿，单纯使用抗生素药物治疗效果并不是很明显，必须将脓肿切开引流，然后再进行抗炎治疗。
脓肿切开引流之后，应该送细菌培养加药敏试验，根据检查结果选择敏感抗生素药物控制治疗，例如头孢曲松钠、阿莫西林、克拉维酸钾等，同时应该配合使用糖皮质激素减轻炎症反应。
大多数扁桃体脓肿患者，在经过穿刺引流之后症状，症状会逐渐缓解，流口水情况也会慢慢减轻。但是扁桃体脓肿很容易反复发作，如果反复发作最好能够手术切除扁桃体。