人感染日本血吸虫后，首先会出现胃肠道的症状，患者可以出现腹泻的症状，同时可以伴有腹痛。有些人还可以出现高热的症状，发热之前多伴有畏寒。
日本血吸虫还可以导致患者发生消化道的出血，有些患者可以发生肠梗阻。日本血吸虫还可以侵犯患者的肝脏，导致患者出现肝脾肿大的症状，病情严重的患者可以发生肝衰竭。
日本血吸虫还可以进入患者的肺部，导致患者发生咳嗽、咳痰、胸痛的症状。日本血吸虫还可以导致患者中枢神经系统的感染，患者可以出现发热、意识障碍等，有些患者可以表现为癫痫的症状。