手足口病的并发症主要是神经系统的并发症、呼吸系统的并发症和心血管系统的并发症。神经系统的并发症，临床表现为精神差、嗜睡、易激惹、头痛呕吐、烦躁、肢体抖动，查体时可以见神经系统的阳性体征。
呼吸系统受累的临床表现有呼吸浅促、呼吸困难急促、呼吸节律的改变、口唇发干面色苍白、咳嗽加剧、肺部可以闻及明显的湿啰音。
循环系统受累的改变有心动过缓、过速、面色苍白、皮肤出现花纹、四肢冷、指端发干、出现血压下降或者休克。当出现以上临床表现时，往往提示手足口病严重的并发症。