肛瘘手术后，一般正常恢复时间在3-4个周左右，创面恢复后就可以进行体育锻炼，但开始不建议剧烈的体育活动，可以先以快走、慢跑为主，活动剧烈以后，会牵连手术伤口，患者还是可以有局部疼痛不适感。随着身体的逐步恢复和运动耐受，可以逐步增强运动强度以及运动方式。
手术愈合时间和病变情况、手术情况、患者的身体素质、恢复情况相关，恢复慢的患者，时间可能还会延长1-2个周。所以在恢复过程中，一定要加强营养，注意创面的清洁，确保伤口顺利恢复。