临床上单侧软腭瘫痪可无临床症状，双侧瘫痪者症状明显。由于软腭不能上举，鼻咽不能闭合，病人说话出现开放性鼻音，吞咽时食物易逆行进入鼻腔，偶可经咽鼓管流入中耳，病人不能作吸吮、吹哨或鼓气等动作。
一侧软腭瘫痪则悬雍垂偏向健侧，发声时悬雍垂和软腭向健侧移动，患侧不能上举。若双侧瘫痪则软腭松弛下垂，不能动作。若影响咽鼓管开张能力，可出现中耳的症状和体征，如同时有咽缩肌瘫痪，在梨状窝有唾液或食物潴留。