新冠会影响人体器官。一般来说，新型冠状病毒最直接损害的是呼吸系统，例如肺组织，新冠肺炎的患者肺部常常会出现肺间质炎症，在影像学检查中显示为典型的大白肺，重症患者肺间质炎症很有可能发展为不可逆的肺纤维化。
除了呼吸系统外，新冠病毒还很有可能直接破坏神经系统。口腔和鼻部黏膜含有较多的ACE2受体，是新冠病毒经常攻击的受体，因此新冠病毒有可能破坏患者味觉和嗅觉感受器，导致味觉和嗅觉的减退和丧失。
除了直接破坏外，新冠肺炎重症患者很有可能出现低氧血症损伤人体各个器官。