肛乳头瘤与痔疮的外部形态、发病原因、临床症状以及直肠指诊时的手感均有明显的不同。
痔疮是痔粘膜内包裹着一团迂曲的静脉团，是由于长期进食辛辣刺激性的食物，以及持续的腹压增高等原因引起。肛乳头生长在肛窦开口处，体积非常小，肉眼很难发现。慢性肛窦炎及各种摩擦刺激，会引起肛乳头的肥大，当体积大于1公分时，被称为肛乳头瘤。当肛乳头瘤体积大到一定程度时，可随大便脱出肛门口，直肠指诊会发现齿状线处有一质韧肿物。
肛乳头瘤有一定几率恶变，宜早期手术治疗。