患者发生非细菌性前列腺炎时，需要完善病原学检查，明确是由支原体或衣原体感染引起的，还是无菌性前列腺炎。因为在明确具体的病情以后，才能更有针对性地予以治疗。
如果是支原体或衣原体感染引起的前列腺炎，需要使用红霉素、阿奇霉素等药物治疗。如果是无菌性前列腺炎，则不需要予以抗生素治疗。其次是对症治疗，无论是哪种原因引起的，都可予以特拉唑嗪等药物治疗，松弛前列腺平滑肌，改善症状。如果患者有明显的胀痛症状，可口服塞来昔布胶囊止痛治疗。
另外，还需要在生活中避免进食辛辣食物，适量饮水，减少性生活频次。