增生异常综合征进行分期的依据是预后积分系统，通常根据患者染色体的改变、骨髓中原始细胞的数目，以及血常规中血红蛋白的浓度、中性粒细胞计数，以及血小板的计数进行评分。
通常可以分为5期，非常良好组通常属于0分到2分之间，病人预后往往比较好；良好组介于2分到3.5分之间；中危组是3.5到5分之间；预后不良组5分到6分之间；极度不良组通常大于6分。
骨髓增生异常综合征的分期，可以指导骨髓增生异常综合征的治疗，同时还可以判断骨髓增生异常综合征的预后。