宝宝发烧39度要采取物理降温的措施，毛巾敷额头、酒精擦浴，同时服用一些比较温和的退烧药物。出汗比较多时，及时把汗液擦干，因为此时全身皮肤毛孔扩张，容易受到病毒细菌的入侵加重疾病的病情。
要根据发烧的原因，采取不同的治疗方案。如果是细菌感染引起的发烧，要根据血培养药敏的结果，合理使用抗菌药物进行治疗，一般选择青霉素类、头孢类的抗生素积极的抗炎抗感染治疗。
如果是感冒病毒引起的发烧，要服用一些抗病毒药物，如连花清瘟颗粒板蓝根冲剂、奥司他韦颗粒来抗感冒抗病毒治疗。