舌头中间痛的原因有很多，首先可能是沟纹舌引起的疼痛。舌头中间会有非常明显，并且较深的裂缝，这个位置会有食物残渣的堆积而引起大量细菌的生长，时间长了会导致裂纹内部黏膜的炎症，感染后会有疼痛的症状。
也可能是菱形舌导致的疼痛，舌头中间由于舌乳头的缺乏而极易引起感染，会感觉到明显的疼痛。
另外，还可能是舌头上出现溃疡、疱疹等引起的疼痛，特别是疱疹破溃以后会形成较大的溃疡面，伴有红肿、疼痛的不适症状。