前列腺囊肿可以分为先天性和后天性，先天性前列腺囊肿多发生于胚胎期，前列腺内的腺体、腺管发育异常，腺体挤压，腺管狭窄分泌物无法排出，形成囊肿，或者是腺管扩张直接形成囊肿。
后天性前列腺囊肿多受前列腺疾病的影响，例如前列腺增生、前列腺炎、腺管、腺泡受增生的前列腺组织或者炎症所致的结缔组织挤压，造成梗阻，分泌物不断增加，腺泡上皮不断增厚，最终形成囊肿。
前列腺囊肿多属于良性病变，囊肿小且无临床症状时不需要处理，囊肿较大引发尿路梗阻症状时可行手术治疗。