输卵管堵塞主要通过手术和辅助生殖技术治疗，常用的手术方法为腹腔镜手术和宫腔镜手术。
根据输卵管堵塞的位置选择手术方式，近端堵塞时可用输卵管插管疏通术；远端堵塞时可用输卵管粘连分解、输卵管伞端整形术以及输卵管造口术。还可进行宫腔镜手术，在宫腔镜下进行输卵管插管通液、注药治疗，手术治疗术后医生可酌情给予抗生素以预防感染。
如果输卵管严重堵塞，患者手术治疗后仍然不能怀孕，需考虑辅助生殖技术助孕，包括体外受精-胚胎移植及其衍生技术等。