在患者出现华支睾吸虫病的病情发生时，可以进行一般治疗常用的方法，主要包括增加营养，纠正患者贫血的病情，选择合适的利尿剂进行利尿消肿处理，在病情缓解的情况下，选择合适的药物进行驱虫治疗。
在临床上华支睾吸虫病的首选药物是吡喹酮，这种药物作用的时间比较短，疗效比较高，毒性相对略低一些，反应也比较轻，临床应用比较广泛，但是个别的患者也要注意一定的副作用，患者还可以服用阿苯达唑等药物治疗。
对于合并有感染或者肝功能改变的患者，还需要进行针对并发症治疗。