溃疡性结肠炎的诊断主要是依据结肠镜及病理组织活检进行确诊，但不是所有的溃疡性结肠炎患者都可以进行结肠镜检查。对于不能进行结肠镜检查者，可以进行钡剂灌肠、腹部CT等项目检查确诊。
另外，对于患有溃疡性结肠炎的患者，还需要进行检查粪便常规，在检查时会发现有红细胞、脓细胞存在。有些患者还可能需要粪便培养，排除是否有感染性结肠炎症存在。
甚至，如果是在活动期的时候，进行血常规、血沉、C-反应蛋白检查时，还可能会出现血红蛋白降低、白细胞及血沉增快、C-反应蛋白增高等现象。