垂体腺瘤与脊索瘤的发生部位不同，垂体腺瘤主要发生在垂体内，可以导致垂体的体积增大，对周围的神经细胞可以造成压迫的症状。
脊索瘤也可以发生在和垂体临近的位置，脊索瘤增大之后也会对周围的神经造成压迫，甚至可能对垂体造成压迫。
二者的组织细胞来源不同，垂体腺瘤多是垂体自身细胞增生导致的，有些患者是转移而来，而脊索瘤是由胚胎时期残余的脊索组织发展而来。
二者可以出现类似的临床表现，都可以导致患者出现视力的障碍、内分泌的异常，明确诊断需要对肿瘤组织进行病理检查。