颅咽管瘤术后，最常见的并发症就是头痛。
手术过程中，可能会对脑组织造成损伤，而且开颅过程中，会导致骨骼的损伤，这些因素都可以导致头痛。有些患者术后还会出现不同程度的脑水肿，脑水肿会导致颅内压的轻度升高，也会诱发头痛的症状。
有些患者手术后有可能诱发颅内的感染，可能和手术过程中的操作有一定的关系。开颅手术属于比较大的手术，患者可以发生应急性溃疡，出现消化道的出血，部分患者还可以发生肺部和泌尿系的感染。有些患者手术中对脑组织造成损伤之后，还有发生癫痫的可能。